下関水族館開館の翌年昭和32年からコウテイペンギン、アデリーペンギン、フンボルトペンギンの飼育が始まっており、この当時の水族館事情を考えれば下関は最も早くペンギンを飼育し始めた水族館と思われます。 特に極地ペンギンについては昭和34年にヒゲペンギンを、36年には日本初のジェンツーペンギンと、合計4種の飼育を行いました。
これは、当時、この下関に捕鯨船団を持つ大洋漁業(現在のマルハ)の本社があったことから、捕鯨船の乗組員が極地ペンギンを持ち帰って下関水族館にプレゼントしてくれたからです。
昭和63年(1988)日本で始めてマゼランペンギンの繁殖に成功し、動物園水族館協会より繁殖賞をいただき、その快挙は当時の新聞にも掲載されました。
また、ペンギンの長期飼育にも力を入れており、1979年にやってきたイワトビペンギンのチッチは、2002年まで生存し、この時点で最も長い飼育期間を記録しています。
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