このコケ取り掃除は、他の水槽では週に1回くらいの割合で行えばいいのですが、ここの水槽はそれよりはひんぱんに掃除をしなければなりません。関門海峡潮流水槽の写真を見ていただいたいたら分かるように、ここには自然の光がさんさんと入ります。植物であるコケは、同じ様な環境の元では光が強い方が成長が早いのです。ということは、ひんぱんに掃除をしなければならないとなるわけです。
コケ掃除は、水槽の大きさ（深さ）によって潜ってスポンジでこするか、陸上から長い柄のついたスポンジでこするかのどちらかに分かれます。使用するスポンジやブラシはごく普通の一般のご家庭でも使われているものです。これを水槽ごとに長い柄をつけてところによっては途中を曲げたりして使いやすいように細工をしています。関門海峡潮流水槽は海響館一の大きさですから上からスポンジブラシをのばして掃除をするわけにはいきません。ですから、潜水用ボンベを背負って、何時間もひたすらスポンジを使って掃除をします。もちろん、水槽の中に生きものが入ったままの状態で行うのですから洗剤や除草剤は使わず、ひたすらコケがなくなるまでこするのです。